Nei primi mesi 1980 viene colpita la magistratura con due attentati mortali, a Roma:

-         il 12 febbraio 1980 Vittorio Bachelet, vicepresidente del Consiglio superiore della magistratura;

-         il 18 marzo 1980 Girolamo Minervini, in procinto di essere nominato direttore generale degli istituti di prevenzione e pena.

Il 12 maggio 1980, a Mestre, in relazione alla riunione dei capi di stato dei paesi più industrializzati, in programma per il mese di giugno, le BR intervengono colpendo mortalmente il dirigente della Digos Alfredo Albanese.

Il 19 maggio 1980, con l'attentato mortale all'assessore regionale al Bilancio e alla Programmazione, Pino Amato, della DC, nasce ufficialmente la Colonna di Napoli.

Il 5 agosto 1980, in provincia di Roma, si riunisce la Direzione strategica.

Dopo la presa di posizione dei prigionieri del luglio 1979, la Colonna Walter Alasia chiede a sua volta le dimissioni dell'Esecutivo. Nodi fondamentali del dissidio sono la questione operaia ed il problema della liberazione dei prigionieri. Tali nodi verranno pubblicamente esposti nei documenti:

-         Opuscolo n. 9, Grandi Fabbriche, nazionale, 1979.

-         Opuscolo n. 9 bis, Fabbriche, Colonna Walter Alasia, Milano 1979.

La Direzione strategica delle Brigate Rosse elabora comunque una propria Risoluzione strategica (ottobre 1980).

Alle prese con le loro contraddizioni interne, le BR non riescono a manifestare alcuna presenza nella reazione che tra ottobre e dicembre, la Fiat, sostenuta anche dai suoi quadri intermedi (manifestazione dei quarantamila), sviluppa contro le vertenze operaie, mettendo in cassa integrazione migliaia di operai e effettuando un centinaio di licenziamenti.

Il 12 novembre del 1980 la Colonna Walter Alasia gestisce autonomamente una propria azione - attentato mortale al dirigente industriale Renato Briano - e con ciò, di fatto, si pone al di fuori del controllo politico dell'Esecutivo.

Tentativi successivi di mediazione e composizione delle divergenze non hanno esito alcuno.

Nel mese di dicembre, con l'Opuscolo n. 10, l'Esecutivo delle BR decreta ufficialmente la separazione organizzativa della Colonna Walter Alasia.

Il 12 dicembre 1980, a Roma, con il rapimento del giudice Giovanni D'Urso, direttore dell'Ufficio III della direzione generale degli istituti di prevenzione e pena del ministero della Giustizia, le Brigate Rosse chiedono la chiusura immediata dell'Asinara, che era stata tenuta aperta con pochissimi detenuti brigatisti, dopo lo smantellamento della rivolta del 2 novembre 1979.

La campagna si sviluppa con l'attentato mortale al generale dei carabinieri Enrico Galvaligi (Roma, 31-12-80), responsabile del coordinamento delle misure di sicurezza nelle carceri speciali e ritenuto responsabile dell'assalto compiuto il 29 dicembre 1980 dal Gruppo d'Intervento Speciale (GIS) per riprendere il controllo del carcere di Trani in rivolta da due giorni.

Il sequestro di Giovanni D'Urso si conclude il 15 gennaio 1981 con la liberazione del magistrato e la chiusura dei carcere speciale dell'Asinara.

Con la campagna D'Urso e la sua gestione (Opuscolo n. 11, gennaio 1981) di fatto si conclude il percorso unitario delle Brigate Rosse.

Gli opuscoli n. 12 e 13, tuttavia, esprimono ancora posizioni unitarie (ad eccezione delle BR-Walter Alasia) ed in particolare il secondo tenta di fissare le basi per una ripresa d'iniziativa sul terreno delle lotte operaie.

Nell'aprile 1981, i già precari equilibri tra le varie istanze e le diverse posizioni politiche all'interno delle BR precipitano. A Milano viene arrestato colui che era stato fino a quel momento il capo incontrastato delle BR, Mario Moretti.

All'autonomizzazione delle BR-WA, che gestisce per proprio conto il sequestro dell'ingegnere dell'Alfa Romeo Sandrucci, fa seguito quella della Colonna di Napoli e del Fronte Carceri, che, insieme, gestiscono le campagne Cirillo e Peci, dando vita alle Brigate Rosse – Partito della Guerriglia che saranno guidate da Giovanni Senzani.  .

Solo il sequestro dell'ingegnere Giuseppe Taliercio, direttore del Petrolchimico di Mestre (20 maggio - 5 luglio 1981), viene ancora rivendicata con la sigla BR. Ma anche nel Veneto, in seguito a divergenze sorte nella gestione dell'operazione, tra ottobre e novembre del 1981, alcuni militanti della colonna veneta escono dall'organizzazione e danno vita alla colonna "2 Agosto".

Nell'agosto del 1981, per iniziativa della colonna di Roma, viene fatto un tentativo di ricomposizione delle contraddizioni esplose tra i vari spezzoni. Ma esso fallisce.

Ad ottobre, si tiene a Milano una riunione della Direzione strategica. In essa viene impostata la campagna contro il generale USA James Lee Dozier e viene deciso, onde evitare conflitti sui diritti di primogenitura, di modificare anche la sigla. Al vertice di quello che rimane delle Brigate Rosse è ora una donna: Barbara Balzerani.

Da questo momento le Brigate Rosse, intese come un'unica formazione armata, cessano formalmente di esistere.

Accanto alle BR-Walter Alasia e alle BR-Partito Guerriglia si formano le BR-Per la Costruzione del Partito Comunista Combattente (BR-PCC) che continueranno la strada della lotta armata.

Negli anni successivi alcuni detenuti delle BR, dopo aver esaurito in tempi più o meno brevi la loro esperienza in uno o nell'altro di questi raggruppamenti e non ritenendo di doversi dissociare, rimangono, pur senza una precisa definizione organizzativa, nell'area di dibattito generale delle BR.

L'inizio del processo Moro-ter, nel 1986, consente loro di incontrarsi e confrontarsi.

Nel gennaio del 1987 una serie di “lettere aperte” firmate da diversi militanti, sanciscono la chiusura unitaria dell'esperienza storica delle BR e l'inizio di una battaglia di libertà finalizzata alla soluzione politica del conflitto degli anni '70, alla liberazione di tutti i prigionieri e al rientro degli esuli.